Holzpellets können direkt im trockenem Kellerraum gelagert werden, da von ihnen anders als bei Heizöl, keine Umweltgefährdung ausgeht.

Feuchte Wände und Böden sind im Lagerraum zu vermeiden, da Holzpellets Feuchtigkeit aufnehmen. Sie quellen auf, zerfallen und sind meistens nicht mehr verwendbar.

Feuchte Pellets können außerdem Fördersysteme blockieren und die Verbrennung negativ beeinflussen.
Normale Luftfeuchtigkeit, wie sie über das ganze Jahr verteilt wetterabhängig auftritt, schadet den Pellets nicht.

Auch die Entfernung zwischen Lager und Kessel ist zu berücksichtigen.